Στη Μονάδα Έρευνας και Κατάρτισης του Εργαστηρίου γίνεται υλοποίηση προγραμμάτων βασικής και εφαρμοσμένης έρευνας με κεντρικό άξονα τη χρήση της εθνογραφικής μεθόδου σε τομείς στους οποίους η εθνομουσικολογία παραδοσιακά εξειδικεύεται (οργανολογία, συλλογή μουσικού υλικού, μουσική καταγραφή και ανάλυση, συγκριτική ανάλυση, ρεπερτόριο, μουσικοί χάρτες, γενεαλογίες μουσικών, μουσικά ιδιώματα, μουσική τυπολογία κ.λπ.), καθώς και σε άλλους τομείς όπως η ιστορική εθνομουσικολογία και η εθνομουσικολογία της αστικής, λαϊκής και δημοφιλούς μουσικής. Επίσης, η Μονάδα υλοποιεί προγράμματα στον τομέα της πολιτισμικής ανθρωπολογίας με άξονες την ανθρωπολογία της μουσικής (κοινωνικές σχέσεις, πολιτισμικές ταυτότητες, φύλο, πολιτισμικά συστήματα συγκρότησης της μουσικής και των ήχων, ηχοτοπία, διαπολιτισμικές μουσικές ανταλλαγές ή σχέσεις, μουσική και παγκοσμιοποίηση, δημοφιλής μουσική κουλτούρα κ.λπ.), την ανθρωπολογία του χορού και την οπτική ανθρωπολογία (εθνογραφικό φιλμ, ντοκιμαντέρ, ανθρωπολογία των μέσων). Στη Μονάδα Έρευνας και Κατάρτισης πραγματοποιούνται σεμινάρια επιμόρφωσης στο πλαίσιο της  εφαρμοσμένης εθνομουσικολογίας, σε αντικείμενα όπως εθνομουσικολογία και μουσική εκπαίδευση, πολιτισμική ανθρωπολογία, διαπολιτισμική εκπαίδευση, πολιτιστική διαχείριση κ.λπ. που απευθύνονται σε εκπαιδευτικούς όλων των βαθμίδων, σε επιστήμονες και ερευνητές συναφών αντικειμένων, σε πολιτιστικούς φορείς, ιδρύματα, ινστιτούτα κ.ά.

Στη Μονάδα Αρχείων και Βιβλιοθήκης συγκεντρώνονται, φυλάσσονται και διατηρούνται ποικίλα στοιχεία πρωτογενούς αρχειακού υλικού. Γίνεται ψηφιοποίηση των σχετικών συλλογών και συγκροτείται σχετική ερευνητική βιβλιογραφία και θεματικές βάσεις δεδομένων. Στις ιδρυτικές προβλέψεις της μονάδας συμπεριλαμβάνονται η δημιουργία συλλογής μουσικών οργάνων και παρτιτούρων, αρχείου μουσικών επιτελέσεων και προφορικών μαρτυριών, αρχείου φωτογραφιών, βιντεοθήκης με κινηματογραφικό υλικό εθνομουσικολογικού, ανθρωπολογικού, λαογραφικού και ιστορικού ενδιαφέροντος, καθώς και η δημιουργία και λειτουργία εξειδικευμένης δισκοθήκης, ταινιοθήκης για αποκλειστική διάθεση προς ερευνητές και διδάσκοντες.

Στο πλαίσιο λειτουργίας της Μονάδας Εκδόσεων και επιστημονικών/καλλιτεχνικών Εκδηλώσεων προβλέπεται η παραγωγή διδακτικού και εκπαιδευτικού υλικού, η μετάφραση, συγγραφή και έκδοση κειμένων, όπως επίσης και η οργάνωση επιστημονικών ημερίδων και συνεδρίων. Στη βάση της εξειδικευμένης υλικοτεχνικής υποδομής του Εργαστηρίου (οπτικοακουστικά μέσα, όργανα καταγραφής, επεξεργασίας και αναπαραγωγής ήχου και εικόνας, κ.λπ.), η Μονάδα είναι αρμόδια για την διάδοση των αποτελεσμάτων της έρευνας μέσα από την παραγωγή ντοκιμαντέρ και ραδιοφωνικών εκπομπών, την οργάνωση εκθέσεων σε μουσεία, τη διοργάνωση ημερίδων, συνεδρίων, συμποσίων κ.λπ., αθώς και για την οργάνωση καλλιτεχνικών εκδηλώσεων (συναυλιών, παραστάσεων, ρεσιτάλ, εκθέσεων κ.λπ.), με στόχο τη μουσική καλλιέργεια, τη διάδοση διαφόρων μουσικών παραδόσεων και τη διαπολιτισμική επικοινωνία.